StanをAnacondaで使う
Python用のStan、PyStanはAnacondaにおいて簡単にインストールできる。AnacondaとPyStanのインストールは、このウェブサイトで解説している。
PythonでStanスクリプトファイルや入力データファイルを用いるときは、これらをPythonスクリプトファイルと同じフォルダに置いておき、カレントフォルダも同じフォルダ(ディレクトリ)に移してからPythonコマンドでスクリプトを実行すると簡単である。
スクリプトファイルは適当なテキストエディタで作成すればよいが、Windowsの場合、Pythonのウェブサイト
からPythonをダウンロード・インストールしたときにインストールされるPythonのIDLE(統合開発学習環境)のエディタが使い易い。ただし、Python 3.8.4のエディタは、日本語を入力すると保存できないというトラブルがある(2020.07.15)。日本語を使用する可能性があるときは、Python 3.8.3のインストールを薦める。Python IDLEの使い方は、このウェブサイトでも説明している。
いま、2項分布の分析を行うStanスクリプトが図1のようにフォルダS:\sampleAに置かれているとする。
図1
図1のStanスクリプトファイルを利用するPythonスクリプトを同じフォルダS:\sampleAに用意する(図2)。
図2
PythonスクリプトファイルBinAnal.pyの置かれているフォルダと同じフォルダS:\sampleAにおいてPythonコマンドを
python BinAnal.py
と実行すればよい。
フォルダ(ディレクトリ)の移動はcdコマンドで行える。
図3に操作の一連の流れを示す。
図3
pythonコマンド実行後、しばらく画面に変化が無いときがあるが、これはimportの処理に時間が掛かっているときである。また、Stanスクリプトのコンパイルにも時間が掛かるので、StanによるMCMCサンプリングが始まるまで待たされる。MCMCサンプリングが終わると、その処理結果が出力される。図2のスクリプトの場合は、図4の事後分布のグラフがひょうじされる。
図4
なお、Stanの解説を<岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版>第10章〜第12章で行っている。