PyStanのインストール／Windows, Ubuntu, CentOS
2019.07、2023.03
注意： 現在（2022.06.11）、Windows上では、anacondaでのpystanはMVSCコンパイラが選ばれて使えない。しかし、pystanとPythonのバージョンを選べば、使えることが確認できた。Python 3.7の仮想環境においてpystan 2.17.1.0をインストールしてみるとpystanが使えた。サンプリングの実行時に、パラメータ「n_jobs=1」の設定が必要であることに注意。
Pystan 2.17.1.0はコマンド
conda install
pystan==2.17.1.0
でインストールできる。等号=が２つ==であることに注意。
PyStanのインストールを以下のように行った。このAnacondaを利用しない場合は、WindowsではPyStanの機能が全てサポートされるわけではない。しかし、Anacondaの仮想環境ではほぼ大丈夫のようである。PyStanの機能をWindowsで楽しむときは、Anacondaの仮想環境を利用している。Anacondaは簡単にインストールでき、PyStanのインストールも簡単であるが、このウェブサイトで説明している。
まず、Anacondaによらない場合のWindowsでのインストールについて説明し、その後、UbuntuでのインストールとCentOSでのインストールについて、説明する。
なお、PyStan 3が公開されているが、このウェブサイトに説明を用意した。
PyStanについては、＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版＞で説明している。
Windowsの場合
注： 以下の内容は、現在（2023.03）では古い。こちらのウェブサイトを参照されたい。
PyStanは実行時にC++コンパイラが必要なので、PyStanを用いるときはC++コンパイラをインストールしておく必要がある。Visual StadioのC++のインストールが簡単である。VSC++はサポートされていないとなっているが、これでかなりのことができる。
Visual StudioのC++は、ウェブサイト
https://visualstudio.microsoft.com/downloads/
においてVisual Studio 2019 Communityを選び（無料なので）、C++デスクトップアプリケーション開発のものをインストールすればよい。
C++のインストールが完了すれば、PyStanのインストールになるが、モジュールCythonがまだインストールされていないときは
pip install Cython
とインストールしておく。なお、pipコマンドは管理者権限で実行するが、このことについては＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版、pp. 3-4＞を参照されたい。
PyStanのインストール時に自動的にCythonもインストールされることがあるが、あらかじめインストールしておいた方が無難である。
PyStanはバージョンによってはインストールが難しいが、PyStan 2.17.1は次のコマンド
pip install pystan==2.17.1
で簡単にインストールできる。
現在（2019.12.22）は、Python 3.7.6にPyStan 2.17.1をインストールしている。Python 3.8.1でもPyStan 2.17.1はインストールできたが、他のソフトで未対応なものがあり、Python 3.7.6を使っている。
インストール後の利用は
import pystan
とインポートすればよい。
Ubuntuの場合
Ubuntu 18.04 LSTの場合、Python 2とPython 3が既にインストールされている。pythonと指定すればPython2が呼び出されるので、Python 3を実行するときはpython3と3を付けて呼び出す。
PyStanは実行時にC++コンパイラが必要であるが、g++をインストールすればC++コンパイラもインストールされる。g++は、コマンド
sudo apt install g++
の実行でインストールできる。
PyStanのインストールの前に、Cythonをインストールしておいた方がよい。pipコマンドでPython3用にイン・ Xトールするときは、pip3とpipに3を付けておくことに注意。また、インストールは管理者権限で行うのがよい。
pip3の実行で、pipの更新が求められたときは（図１）、Python3における更新であるので、pipをpip3で更新する形をとる（図１）。
図１
モジュールCythonがインストールされておれば、PyStanはコマンド
sudo pip3 install pystan
の実行でインストールされる。
CentOSの場合
CentOS 7の場合、Python 2が既にインストールされている。pythonと指定すればPython2が呼び出されるので、Python 3を実行するときはPython 3をインストールする必要がある。Python 3のインストールについては、別のウェブサイトの後半で説明した。
PyStanは実行時にC++コンパイラが必要であるが、g++がインストールされておればC++コンパイラもインストールされている。コマンドg++を
g++
と実行してみて、入力ファイル名が指定されていないなどのエラーが出ればコンパイラーはインストールされている。コマンドg++が見つかりませんというエラーのときは、g++をインストールしておかなければならない。
PyStanのインストールは、pip3.6コマンドで簡単にできるが、PyStanのバージョンは最新のものではなくpystan 2.18.1が良いようである（2019.08）。PyStanのバージョン2.18.1を指定して、次のようにpip3.6を実行する。
sudo pip3.6
install pystan==2.18.1
これで、PyStanが利用できる。