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PyStanのインストール/Windows, Ubuntu, CentOS

2019.072022.06

 

注意: 現在(2022.06.11)、Windows上では、anacondaでのpystanMVSCコンパイラが選ばれて使えない。しかし、pystanPythonのバージョンを選べば、使えることが確認できた。Python 3.7の仮想環境においてpystan 2.17.1.0をインストールしてみると問題なくpystanが使えた。サンプリングの実行時に、パラメータ「n_jobs=1」の設定が必要であることに注意。

Pystan 2.17.1.0はコマンド

conda install pystan==2.17.1.0

でインストールできる。等号=が2つ==であることに注意。

 

PyStanのインストールを以下のように行った。この場合、WindowsではPyStanの機能が全てサポートされるわけではない。しかし、Anacondaの仮想環境では大丈夫のようである(2020.07)。PyStanの機能をWindowsで楽しむときは、Anacondaの仮想環境を利用している。Anacondaは簡単にインストールでき、PyStanのインストールも簡単であるが、このウェブサイトで説明している。

以下では、Anacondaによらない場合のWindowsでのインストールについて説明し、その後、UbuntuでのインストールCentOSでのインストールについて、説明する。

 

Windowsの場合

PyStanは実行時にC++コンパイラが必要なので、PyStanを用いるときはC++コンパイラをインストールしておく必要がある。Visual StadioC++のインストールが簡単である。VSC++はサポートされていないとなっているが、これでかなりのことができる。

Visual StudioC++は、ウェブサイト

https://visualstudio.microsoft.com/downloads/

においてVisual Studio 2019 Communityを選び(無料なので)、C++デスクトップアプリケーション開発のものをインストールすればよい。

C++のインストールが完了すれば、PyStanのインストールになるが、モジュールCythonがまだインストールされていないときは

pip install Cython

とインストールしておく。なお、pipコマンドは管理者権限で実行するが、このことについては<岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版pp. 3-4>を参照されたい。

PyStanのインストール時に自動的にCythonもインストールされることがあるが、あらかじめインストールしておいた方が無難である。

PyStanはバージョンによってはインストールが難しいが、PyStan 2.17.1は次のコマンド

pip install pystan==2.17.1

で簡単にインストールできる。

現在(2019.12.22)は、Python 3.7.6PyStan 2.17.1をインストールしている。Python 3.8.1でもPyStan 2.17.1はインストールできたが、他のソフトで未対応なものがあり、Python 3.7.6を使っている。

インストール後の利用は

import pystan

とインポートすればよい。

 

Ubuntuの場合

Ubuntu 18.04 LSTの場合、Python 2Python 3が既にイン・ Xトールされている。pythonと指定すればPython2が呼び出されるので、Python 3を実行するときはpython33を付けて呼び出す。

PyStanは実行時にC++コンパイラが必要であるが、g++をインストールすればC++コンパイラもインストールされる。g++は、コマンド

sudo apt install g++

の実行でインストールできる。

PyStanのインストールの前に、Cythonをインストールしておいた方がよい。pipコマンドでPython3用にイン・ Xトールするときは、pip3pip3を付けておくことに注意。また、インストールは管理者権限で行うのがよい。

pip3の実行で、pipの更新が求められたときは(図1)、Python3における更新であるので、pippip3で更新する形をとる(図1)。

図1

 

モジュールCythonがインストールされておれば、PyStanはコマンド

sudo pip3 install pystan

の実行でインストールされる。

 

CentOSの場合

CentOS 7の場合、Python 2が既にインストールされている。pythonと指定すればPython2が呼び出されるので、Python 3を実行するときはPython 3をインストールする必要がある。Python 3のインストールについては、別のウェブサイトの後半で説明した。

PyStanは実行時にC++コンパイラが必要であるが、g++がインストールされておればC++コンパイラもインストールされている。コマンドg++

g++

と実行してみて、入力ファイル名が指定されていないなどのエラーが出ればコンパイラーはインストールされている。コマンドg++が見つかりませんというエラーのときは、g++をインストールしておかなければならない。

PyStanのインストールは、pip3.6コマンドで簡単にできるが、PyStanのバージョンは最新のものではなくpystan 2.18.1が良いようである(2019.08)。PyStanのバージョン2.18.1を指定して、次のようにpip3.6を実行する。

sudo pip3.6 install pystan==2.18.1

これで、PyStanが利用できる。

 

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