Stanサンプリング途中経過の表示

事後分布推定のためのMCMCにおけるサンプリングの途中経過の表示についてWindowsの場合とLinuxの場合について説明する。

なお、Python用Stan（PyStan）の簡単な使用法を拙著＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版＞で説明している。

Windowsの場合

スクリプトをIDLEで実行すると、StanにおけるMCMCサンプリングの途中経過は表示されない（図１.1）。

図１.1

しかし、端末画面においてコマンドで実行すると（図1.2）、サンプリングの途中経過が表示される。

図1.2

例を図1.3に示す。

図1.3

Jupyter NotebookにおけるStanの実行時もサンプリング途中経過は表示されない。しかし、Jupyter Notebookを起動した端末画面にはサンプリングの途中経過が出力されている（図1.4）。

図1.4

Jupyter Notebookの起動時は、起動コマンドを実行した端末画面はブラウザーの後ろに隠されているので、クリックなどによって前面に表示すればよい。

Linuxの場合

LinuxとしてCentOS 7の場合について説明する。他のLinuxの場合も、基本的には同様であろう。

端末画面からコマンドで実行するときは、図2.1のような画面で始まる。

図2.1

サンプリングが始まると、図2.2のように途中経過が表示される。

図2.2

Jupyter Notebookで実行した場合は、Notebookにはサンプリングの途中経過は表示されないが、Jupyter Notebookを起動した端末画面にサンプリングの途中系が出力されている（図2.3）。

図2.3

Jupyter Notebookを起動すると端末画面は後ろに隠されるので、端末画面を表示さるときはクリックなどで前面に出せばよい。