PyStan, PyMC3のWindows, CentOS 8での使用
PyStanとPyMC3をWindowsおよびCentOS 8でのAnacondaの仮想環境上で利用してみたところ、問題なく実行できた（2020.05）。以下に備忘録としてWindowsとCentOS 8に分けて記録する。なお、PyStan使用のサンプルスクリプトをこのセブサイトに用意した。PyMC3使用のサンプルスクリプトはこのウェブサイトに用意している。
Anacondaのウェブサイト
https://www.anaconda.com/products/individual
に入ってWindows用のanacondaを選びインストールする。下図１において、２か所のチェックを外した選択が推奨されている。
図１
インストール後は、図２において「Anaconda Powershell Prompt」を選べば端末が、「Jupyter Notebook」を選べばNotebook が起動する。
図２
PyStanあるいはPyPM3を利用するときは、仮想環境がアクティブな（コマンド入力行の先頭に(base)など仮想環境の名前が表示されている）状態においてcondaコマンドでインストールする。例えば、
conda install
cython pystan pymc3 arviz
である。
Python 3.9用の仮想環境においては、PyMC3は現在（2021.08.16）次のコマンドでインストールできる。
conda install
-c conda-forge pymc3
図２の「Anaconda Powershell Promt」を選んで端末画面がスタートしたときは、仮想環境がアクティブである（図2.A）。
図２.A Anaconda Powershell Promt起動時
C++コンパイラは、仮想環境のPython用にpystanのインストール時に仮想環境に自動的にインストールされる。
PyStanはAnacondaで対応している最新のものがインストールされ、多変量正規分布も扱えるようになるが、サンプリング時のWindows用の制約
n_jobs = 1
は、未だ必要であった。
PyStanのWindowsでの使用例をこのウェブサイトでも説明している。
Pythonスクリプトファイルなどは、適当なテキストエディタで作成・編集すればよい。仮想環境がアクティブであっても、メモ帳などが普通に使える。Pythonスクリプトの作成・編集は、Anacondaとは独立にPythonをインストールしたときにWindows用にインストールされるPython のIDLEのエディタが便利である。Anacondaとは独立にPythonをインストールする方法は別のウェブサイトで説明している。仮想環境がアクティブなときでも、Anacondaとは独立にインストールしたPythonを使える。
作成したスクリプトの実行は、仮想環境においてコマンドcdでスクリプトファイルの置かれているフォルダに移り、pythonコマンドを実行すればよい。
例えば、図３のスクリプトファイルsample1.pyを実行するときは、ファイルの置かれている（保存されている）フォルダC:\Users\Yasuharu\samplesに移る。
図３
Anaconda Powershell Promtを起動したときは、フォルダC:\Users\Yasuharuにいるので、cdコマンドでフォルダsamplesに移る（図４）。
図４
ファイルの保存されているフォルダC:\Users\Yasuharu\samplesに移った後、ファイル名を指定してpythonコマンドを実行する。
python
sample1.py
である。
図２においてJupyter Notebookを選べば、Notebookが起動する。しかし、この場合、Notebookで見ることのできるフォルダは、Cドライブのユーザーフォルダ以下のものとなる。他のフォルダ以下のものをNotebookから開くことができるようにするときは、Anaconda Powershell Prompt（図２）を起動して、cdコマンドで目的のフォルダに移動してからコマンド
jupyter
notebook
を実行すればよい。
Jupyter Notebookを起動すると、ウェブブラウザ―が起動される。Notebookを終了してブラウザーを閉じると、Powershell promptの端末画面内は実行中の状態の表示になっている。「Ctrl + C」の２回押し（Ctrlキーを押しながらCキーを２回押す）操作を行うと、実行中のプログラム終了となり、端末は次のコマンド待ちの状態になる。
Windowsの場合、PyMC3はJupyter Notebookで利用できる（2020.07）。PyMC3のWindowsでの使用例をこのウェブサイトでも説明している。Jupyter Notebookについては、このウェブサイトに簡単な説明を用意した。
Anacondaのウェブサイト
https://www.anaconda.com/products/individual
に入ってLinux用のanacondaを選びインストールする。ダウンロードしたファイルを次のように実行する。
sh
./Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh
インストールの終わりの方で
Do you wish
the installer to initialize Anaconda3
in your
/home/user1/.bashrc ? [yes|no]
と聞かれた場合は、noがお薦めとされている。
上記のインストール作業後、次のコマンドを実行してcondaコマンドが使えるようにする。
sudo echo
"source ~/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc
上のコマンドの実行後、condaコマンドを実行してみて、「見つからない」というメッセージが表示されたら、一旦ログオフしてログオンし直すとよい。
コマンド
conda
activate
を実行すると仮想環境になり、仮想環境において
conda
deactivate
を実行すると仮想環境から抜け出す。
Jupyter Notebookを起動するときは、仮想環境においてコマンド
jupyter
notebook
を実行する。
PyStanやPyMC3を利用するときは、これらのモジュールをインストールしておく必要があるが、仮想環境においてcondコマンドを
conda install
Cython pystan pymc3 arviz
と実行すればよい。C++コンパイラは既に仮想環境用のものがインストールされている。
Pythonスクリプトファイルなどは、適当なテキストエディタで作成・編集すればよい。仮想環境がアクティブであっても、geditなどが普通に使える。作成したスクリプトの実行は、仮想環境においてコマンドcdでスクリプトファイルの置かれているフォルダに移り、pythonコマンドを実行すればよい。
仮想環境がアクティブな状態でコマンド
jupyter
notebook
を実行するとNotebookが起動するが、起動したNotebookで見ることのできるフォルダは、コマンドjupyter notebookを実行したフォルダ以下のものである。他のフォルダ以下のものをNotebookから開くことができるようにするときは、cdコマンドで目的のフォルダに移動してからコマンド
jupyter
notebook
を実行すればよい。
Jupyter Notebookを起動すると、ウェブブラウザ―が起動される。Notebookを終了してブラウザーを閉じると、Jupyter Notebookを起動した端末画面内は実行中の表示になっている。「Ctrl + C」の２回押し（Ctrlキーを押しながらCキーを２回押す）操作を行うと、実行中のプログラム終了となり、端末は次のコマンド待ちの状態になる。
Jupyter Notebookについては、このウェブサイトに簡単な説明を用意した。
なお、PyStanおよびPyMC3の説明を＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版＞で行っている。