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PyStan, PyMC3Windows, CentOS 8での使用

 

PyStanPyMC3WindowsおよびCentOS 8でのAnacondaの仮想環境上で利用してみたところ、問題なく実行できた(2020.05)。以下に備忘録としてWindowsCentOS 8に分けて記録する。なお、PyStan使用のサンプルスクリプトをこのセブサイトに用意した。PyMC3使用のサンプルスクリプトはこのウェブサイトに用意している。

 

Windowsの場合

Anacondaのウェブサイト

 

https://www.anaconda.com/products/individual

 

に入ってWindows用のanacondaを選びインストールする。下図1において、2か所のチェックを外した選択が推奨されている。

図1

 

インストール後は、図2において「Anaconda Powershell Prompt」を選べば端末が、「Jupyter Notebook」を選べばNotebook        が起動する。

図2

 

PyStanあるいはPyPM3を利用するときは、仮想環境がアクティブな(コマンド入力行の先頭に(base)など仮想環境の名前が表示されている)状態においてcondaコマンドでインストールする。例えば、

 

conda install cython pystan pymc3 arviz

 

である。

Python 3.9用の仮想環境においては、PyMC3は現在(2021.08.16)次のコマンドでインストールできる。

 

conda install -c conda-forge pymc3

 

図2の「Anaconda Powershell Promt」を選んで端末画面がスタートしたときは、仮想環境がアクティブである(図2.A)。

図2.A Anaconda Powershell Promt起動時

 

C++コンパイラは、仮想環境のPython用にpystanのインストール時に仮想環境に自動的にインストールされる。

PyStanAnacondaで対応している最新のものがインストールされ、多変量正規分布も扱えるようになるが、サンプリング時のWindows用の制約

 

n_jobs = 1

 

は、未だ必要であった。

PyStanWindowsでの使用例をこのウェブサイトでも説明している。

 

Pythonスクリプトファイルなどは、適当なテキストエディタで作成・編集すればよい。仮想環境がアクティブであっても、メモ帳などが普通に使える。Pythonスクリプトの作成・編集は、Anacondaとは独立にPythonをインストールしたときにWindows用にインストールされるPython IDLEのエディタが便利である。Anacondaとは独立にPythonをインストールする方法は別のウェブサイトで説明している。仮想環境がアクティブなときでも、Anacondaとは独立にインストールしたPythonを使える。

作成したスクリプトの実行は、仮想環境においてコマンドcdでスクリプトファイルの置かれているフォルダに移り、pythonコマンドを実行すればよい。

例えば、図3のスクリプトファイルsample1.pyを実行するときは、ファイルの置かれている(保存されている)フォルダC:\Users\Yasuharu\samplesに移る。

図3

 

Anaconda Powershell Promtを起動したときは、フォルダC:\Users\Yasuharuにいるので、cdコマンドでフォルダsamplesに移る(図4)。

図4

 

ファイルの保存されているフォルダC:\Users\Yasuharu\samplesに移った後、ファイル名を指定してpythonコマンドを実行する。

 

python sample1.py

 

である。

図2においてJupyter Notebookを選べば、Notebookが起動する。しかし、この場合、Notebookで見ることのできるフォルダは、Cドライブのユーザーフォルダ以下のものとなる。他のフォルダ以下のものをNotebookから開くことができるようにするときは、Anaconda Powershell Prompt(図2)を起動して、cdコマンドで目的のフォルダに移動してからコマンド

 

jupyter notebook

 

を実行すればよい。

Jupyter Notebookを起動すると、ウェブブラウザ―が起動される。Notebookを終了してブラウザーを閉じると、Powershell promptの端末画面内は実行中の状態の表示になっている。「Ctrl + C」の2回押し(Ctrlキーを押しながらCキーを2回押す)操作を行うと、実行中のプログラム終了となり、端末は次のコマンド待ちの状態になる。

 

Windowsの場合、PyMC3Jupyter Notebookで利用できる(2020.07)。PyMC3Windowsでの使用例をこのウェブサイトでも説明している。Jupyter Notebookについては、このウェブサイトに簡単な説明を用意した。

 

 

CentOS 8の場合

Anacondaのウェブサイト

 

https://www.anaconda.com/products/individual

 

に入ってLinux用のanacondaを選びインストールする。ダウンロードしたファイルを次のように実行する。

 

sh ./Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh

 

インストールの終わりの方で

 

Do you wish the installer to initialize Anaconda3

in your /home/user1/.bashrc ? [yes|no]

 

と聞かれた場合は、noがお薦めとされている。

上記のインストール作業後、次のコマンドを実行してcondaコマンドが使えるようにする。

 

sudo echo "source ~/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc

 

上のコマンドの実行後、condaコマンドを実行してみて、「見つからない」というメッセージが表示されたら、一旦ログオフしてログオンし直すとよい。

コマンド

 

conda activate

 

を実行すると仮想環境になり、仮想環境において

 

conda deactivate

 

を実行すると仮想環境から抜け出す。

Jupyter Notebookを起動するときは、仮想環境においてコマンド

 

jupyter notebook

 

を実行する。

PyStanPyMC3を利用するときは、これらのモジュールをインストールしておく必要があるが、仮想環境においてcondコマンドを

 

conda install Cython pystan pymc3 arviz

 

と実行すればよい。C++コンパイラは既に仮想環境用のものがインストールされている。

Pythonスクリプトファイルなどは、適当なテキストエディタで作成・編集すればよい。仮想環境がアクティブであっても、geditなどが普通に使える。作成したスクリプトの実行は、仮想環境においてコマンドcdでスクリプトファイルの置かれているフォルダに移り、pythonコマンドを実行すればよい。

仮想環境がアクティブな状態でコマンド

 

jupyter notebook

 

を実行するとNotebookが起動するが、起動したNotebookで見ることのできるフォルダは、コマンドjupyter notebookを実行したフォルダ以下のものである。他のフォルダ以下のものをNotebookから開くことができるようにするときは、cdコマンドで目的のフォルダに移動してからコマンド

 

jupyter notebook

 

を実行すればよい。

Jupyter Notebookを起動すると、ウェブブラウザ―が起動される。Notebookを終了してブラウザーを閉じると、Jupyter Notebookを起動した端末画面内は実行中の表示になっている。「Ctrl + C」の2回押し(Ctrlキーを押しながらCキーを2回押す)操作を行うと、実行中のプログラム終了となり、端末は次のコマンド待ちの状態になる。

Jupyter Notebookについては、このウェブサイトに簡単な説明を用意した。

 

 

なお、PyStanおよびPyMC3の説明を<岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版>で行っている。

 

 

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