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PyStan 2からPyStan 3

 

PyStan 3が公開された。AnacondaPython(≥3.10)仮想環境においてcondaコマンドを

 

pip install pystan

 

と実行すればインストールできる。

Stanスクリプトは、PyStan 2用に開発したものをほぼそのままPyStan 3でも使えそうである。

WindowsPyStan 3を使うときは、WindowsUbuntuをインストールして、Ubuntu上で利用すればよい。WindowsUbuntuをインストールする方法は、このウェブサイトで説明しているので参照されたい。PyStan 3を利用するPythonスクリプトの編集はWindowsで行い、実行はUbuntuの端末においてコマンド「python  スクリプトファイル名」を実行すればよい。ファイルのWindowsでの編集と、スクリプトのUbuntuでの実行はシームレスに行うことができる。

 

拙著<岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版>のStanスクリプトは、PyStan 3でもそのまま使えた。しかし、PyStanを利用するPythonスクリプトは、以下のように変更した。

 

sm = stan.build(Stan_Model, data = Data)

fit = sm.sample()

 

すなわち、関数buildにより、文字列Stan_modelで記述されたStanスクリプトとdata = Dataで与えられたデータを指定してビルドが行われ、それに基づいて関数sampleによりMCMCサンプリングが行われる。拙著PyStanの説明で用いたサンプルスクリプトをPyStan 3用に書き改めたものを以下のウェブサイトに用意した。

 

第10章 2項分布、 第11章 単回帰モデル、 第12章 ポアッソン回帰モデル

 

 

なお、拙著との繋がりとは別に、PyStan3使用上の備忘録を以下のように用意した。

 

PyStan3のbuild関数とsample関数使用の備忘録と、PyStan3用Stanの備忘録を用意した。

 

 

 

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