PyStan 2からPyStan 3へ
PyStan 3が公開されている。AnacondaのPython 3.10仮想環境においてcondaコマンドを
pip install
pystan
と実行すればインストールされる。
Stanスクリプトは、PyStan 2用に開発したものをほぼそのままPyStan 3でも使えそうである。
WindowsでPyStan 3を使うときは、WindowsにUbuntuをインストールして、Ubuntu上で利用すればよい。WindowsにUbuntuをインストールする方法は、このウェブサイトで説明しているので参照されたい。PyStan 3を利用するPythonスクリプトの編集はWindowsで行い、実行はUbuntuの端末においてコマンド「python スクリプトファイル名」を実行すればよい。ファイルのWindowsでの編集と、スクリプトのUbuntuでの実行はシームレスに行うことができる。
拙著＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版＞のStanスクリプトは、PyStan 3でもそのまま使えた。しかし、PyStanを利用するPythonスクリプトは、以下のように変更した。
sm =
stan.build(Stan_Model, data = Data)
fit =
sm.sample()
すなわち、関数buildにより、文字列Stan_modelで記述されたStanスクリプトとdata = Dataで与えられたデータを指定してビルドが行われ、それに基づいて関数sampleによりMCMCサンプリングが行われる。拙著のPyStanの説明で用いたサンプルスクリプトをPyStan 3用に書き改めたものを以下のウェブサイトに用意した。
第10章 2項分布、 第11章 単回帰モデル、 第12章 ポアッソン回帰モデル