PyMC3のWindowsでの実行
ベイズ分析のライブラリPyMC3は、Windowsの場合、AnacondaのJupyter Notebookで実行するとよい。AnacondaとJupyterの簡単なインストールと利用法は、別のウェブサイトで説明している。
＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版＞のリスト13.1を用いて説明する。なお、本ウェブサイトのサンプルファイルは圧縮ファイルsamplefiles.zipとして用意したので、ダウンロード解凍すれば自由に利用できる。
下図（図１）は、リスト13.1の実行例である。
図１
上の実行の場合、図２のようにグラフが出力されている。
図２
グラフを他の文書などに張り込むときは、スクリプトの実行時にファイルに出力しておくと便利である。
図３に示すスクリプトは、グラフ画像をファイルに保存するものである。
図３
グラフのファイルへの保存はスクリプト
plt.savefig(‘fig’)
によって行われている。保存先のファイル名は、引数に設定されている名前にファイル拡張子.pngが付いたfig.pngである。この関数savefigはshow()の直前で呼び出す。
Jupyter Notebookで表示されるグラフは、文書に張り込んだりするにはサイズが小さい。図３のスクリプトでは、traceplotの引数figsizeで
pm.traceplot(trace,
figsize = (20, 3))
と画像の大きさを指定している。
図３のスクリプトでは、次のスクリプト
v_waic = pm.stats.waic(trace)
print(v_waic)
でWAICも求めている。
図４のように出力される。
図４
matplotlib.pyplotのfigure関数の引数figsizeで画像のサイズが指定できる場合もある。
図４の例では、ヒストグラムとKDE曲線の描画において、
plt.figure(figsize
= (8, 6))
とサイズの設定を行っている。
図５
図５の例では、ヒストグラムはfig_hist.pngに、KDE曲線はfig_kde.pngに保存される。
＜岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版＞のスクリプト例のJupyter Notebook版を、このウェブサイトに用意している。