PyStan 3サンプルスクリプト
岡本安晴「いまさら聞けないPythonでデータ分析」丸善出版の第10章から第12章においてPyStanの解説を行っている。この解説はPyStan 2に対するものであるので、PyStan 3を利用するときは少し変更が必要である。変更は、大きく分けて以下の２点であるが、Stanスクリプトは、PyStan 2のものがそのまま利用できそうである。
１．Stanスクリプトの実行方法
PyStan 2では、Stanスクリプトの翻訳と実行は
sm =
pystan.StanModel(…)
fit =
sm.sampling(…)
という形で行われるが、PyStan 3では
sm =
stan.build(…)
fit =
sm.sample()
となる。
２．Stanスクリプトの実行結果の分析方法
PyStan 2では、sampling()の戻り値fitに対して分析を行っていたが、PyStan 3ではsample()の戻り値を、Pandas DataFrame型、あるいはArviz InferenceData型に変換してから分析を行うことができる。
拙著第10章〜第12章のサンプルスクリプトの変更例を以下のサイトに用意した。
PyStan 3 をWindowsで利用するときは、WindowsにUbuntuをインストールしてUbuntu上で利用する。WindowsにUbuntuをインストールしてPyStan 3を利用する方法については、このウェブサイトで説明している。